Кроме собственно базилики в архитектурный комплекс входят также сакристия, баптистерий, епископская резиденция и колокольня. Весь комплекс представляет собой один из наиболее ценных образцов византийского искусства в регионе. В 1997 году включён в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Ефразиева базилика — трёхнефный храм, два боковых нефа отделены от центрального колоннадами из 18 греческих колонн с богато украшенными византийскими и романскими капителями. На каждой колонне изображена монограмма св. Евфразия. Арки между капителями украшены фресками. В капелле рядом с сакристией хранятся мощи ряда святых, в том числе святого Мавра.
Над алтарной частью находится богато украшенный мраморный киворий, созданный в 1277 году по заказу епископа Отто. Балдахин, декорированный мозаикой, поддерживается четырьмя мраморными колоннами VI века, до 1277 года бывших частью старого кивория. На фронтальной стороне кивория изображена сцена Благовещения. В XV веке епископ Иоанн заказал для алтаря базилики в Италии чеканный рельеф в стиле ренессанс, выполненный из позолоченного серебра. Полиптих венецианского художника Антонио Виварини относится к тому же периоду. Картина с изображением Тайной вечери написана Пальмой Младшим.
Передняя стена апсиды обрамлена мозаичной лентой, содержащей хвалу Евфразию и его работе. Задняя часть апсиды декорирована каменными плитам с перламутровыми инкрустациями. В апсиде находится епископский трон, окружённый канделябрами.
Другими элемента комплекса являются восьмиугольный баптистерий и епископский дворец, возведённые в VI веке одновременно с базиликой, атриум с древними могильными плитами и колокольня XVI века. На колокольню разрешён подъём.