Туристам не рекомендуется самостоятельно ездить по стране на машине. Это связано с тем, что состояние перуанских дорог оставляет желать лучшего. Дороги проходят по горам, разметка и ограждения отсутствует практически везде. Железная дорога - самый дешевый вид транспорта в стране, поэтому поезда часто переполнены. Железные дороги связывают между собой столицу, Ороя, Сьерро-де-Паско, Уанкайо, Уанкавелика, Арекипу, побережье озера Титикака и Куско. Существуют специальные ежедневные туристические поезда Куско - Мачу-Пикчу и Ольянта - Мачу-Пикчу. Действуют несколько видов вагонов, для иностранных туристов рекомендуется передвижение вагонами не ниже второго или первого класса, иначе вы рискуете ехать в очень плотном окружении багажа соседних пассажиров, что делает путешествие очень неудобным.
Автобусы — дешевый и достаточно удобный транспорт для передвижения на дальние расстояния. Билет на междугородные рейсы можно приобрести на автостанциях и в местных турфирмах, но в последних цены могут быть сильно завышены.При междугородних переездах стоит иметь при себе паспорт, так как на дорогах есть полицейские посты, на которых требуется его предъявлять. В районе Сельвы удобно передвигаться и на таких водных видах транспорта, как лодки-каноэ и моторные катера. Дорог здесь практически нет. Городские автобусы достаточно медленны, дешевы и постоянно переполнены. Часто можно договориться о цене проезда. Остановить автобус можно в любом месте. Также на наиболее загруженных маршрутах курсируют маршрутные такси "комбис". Стоят они дороже автобусов, но уровень комфорта в них выше. Такси можно найти повсюду. О стоимости поездки лучше всего договориться заранее. Для туристов местные водители очень часто завышают цену во много раз.