Город является главным транспортным центром республики. В Нахичевани находится единственный аэропорт. Из него выполняются пассажирские рейсы в Баку, Гянджу, Киев, Москву, Стамбул. Городской транспорт представлен автобусами и маршрутками, также можно воспользоваться услугами такси.