Возле Нагасаки находится международный аэропорт, куда прибывают самолеты из Токио, Осаки, Итами и других городов. К центру города курсирует автобусный шаттл. Время в пути около часа. Также добираются поездом из Токио с пересадкой на станции Хаката. Поезд прибывает на центральный ж/д вокзал Нагасаки.
Общественный транспорт Нагасаки представлен трамваями и автобусами. 4 трамвайные ветки соединяют практически все городские достопримечательности. Автобусы используются для удаленных экскурсий, к примеру, к горе Инаса.