Город настолько маленький, что общественного транспорта в нем в принципе нет. Местные жители и туристы передвигаются пешком. По озеру курсируют лодки, их сдают в аренду. Копакабана — главный порт озера Титикака, здесь ходят теплоходы, катеры, организовываются прогулки и экскурсии для туристов. К плавучим островам можно добраться на озерном трамвайчике или частной лодке с мотором.
Хорошо налажено междугороднее сообщение: автобусы и маршрутные такси отправляются несколько раз в день. Легко добраться в Ла-Пас, Пуно (Перу) и другие города. Дорога в Ла-Пас, фактическую столицу Боливии, станет отдельным приключением — часть поездки вы проведете на пароме. Расписание автобусов лучше уточнять у водителей.