Проблем с транспортом в городе нет, так как Йошкар-Ола является главной и важнейшей транспортной развязкой всей Республики Марий Эл. Автобусы в Йошкар-Олу из Москвы отправляются с Казанского вокзала и с автовокзала на станции метро «Партизанская». Авиаперелеты в Йошкар-Олу осуществляют компании Utair и Turkish Airlines — вылеты производятся из аэропорта Внуково. Пригородные и междугородные автобусы уходят с автовокзала, который расположен рядом с железнодорожным вокзалом. Имеется развитая маршрутная связь со всеми райцентрами Марий Эл и другими городами России. Общественный транспорт наиболее развит в центре города, представлен троллейбусами, автобусами и маршрутками.