Международный аэропорт находится всего в нескольких километрах от центра Ираклиона, добраться из него можно и на автобусе, и на такси. Общественный транспорт в городе представлен сетью автобусных маршрутов. Городские автобусы окрашены в голубой цвет и ходят с интервалом в 5 минут. Автобусы, следующие на окраины Ираклиона или в пригород, отличаются зеленой расцветкой и ходят чуть реже. Посадка в общественный транспорт здесь осуществляется по требованию: чтобы автобус остановился, нужно проголосовать.
Также для передвижения по городу можно использовать такси, тарифы на поездку зафиксированы за законодательном уровне и рассчитать стоимость услуги можно заранее. Популярным видом транспорта в Ираклионе являются паромы, с их помощь можно быстро добраться до нужного пункта. Помимо этого, в городе развита система проката велосипедов, что позволяет без проблем арендовать двухколесный транспорт.