К тому же многочисленные поезда проходят через Регенсбург по буквально всем популярным европейским направлениям, на большинстве из них действует — на территории Баварии — «баварский билет», своеобразный проездной, который позволяет за небольшие деньги путешествовать по всей Баварии.
Регенсбург — крупный порт на Дунае. В городе есть восточная и западная гавани, а также многочисленные причалы для круизных речных судов, которые заходят в город как правило на один день.
Городской транспорт представлен автобусами (ок. 20 маршрутов).