Добраться до острова Борнео можно воздушным транспортом с пересадками в Москве, Дубаи и столице Малайзии, Куала-Лумпур. В столицах двух малазийских штатов - Кучинг (Саравак) и Кота-Кинабалу (Сабах) - есть аэропорты, которые принимают регулярные рейсы из Куала-Лумпура.
По острову можно передвигаться на автобусах и поездах. Первые делятся на кондиционированные экспрессы и обычные, делающие по дороге кучу остановок. Единственная железнодорожная линия (134 км) проходит по западному побережью и связывает города Кота-Кинабалу и Бофорт.